Μετά την ηφαιστειακή έκρηξη του 17ου αι. π.Χ. που κατακερμάτισε τη Θήρα και έθαψε την προϊστορική πόλη στο Ακρωτήρι κάτω από παχιές αποθέσεις ηφαιστειακών υλικών, το νησί μένει έρημο για αιώνες. Οι αρχαιολογικές μαρτυρίες δείχνουν ότι επανακατοικείται στα τέλη της προϊστορικής εποχής για κάποιο διάστημα, συστηματικά όμως και χωρίς διακοπή κατοικείται από τον 8ο αι. π.Χ., στους ιστορικούς πια χρόνους, όταν εγκαθίστανται Δωριείς άποικοι από τη Σπάρτη με αρχηγό τον Θήρα, στον οποίο οφείλει και το όνομά του. Το νησί, στο οποίο αναπτύσσονται αρκετοί οικισμοί σε διάφορες θέσεις, αποτελεί μια αυτόνομη κρατική οντότητα, την πόλη κράτος της Θήρας, με αστικό κέντρο, κέντρο διοικητικό και θρησκευτικό, σε όλη την αρχαιότητα, την ομώνυμη του οικιστή Θήρα πόλη.
Λίγα χρόνια αργότερα, ο γερμανός επιγραφολόγος HillervonGaertringenξεκινάει τις ανασκαφές του στην Αρχαία Θήρα. Η δράση του στη Σαντορίνη, θα μπορούσε να συνοψιστεί στα εξής σημεία: η αρχική με προσωπικά έξοδα ανακάλυψη της Αρχαίας Θήρας, η δημιουργία του Αρχαιολογικού Μουσείο Θήρας και η σύναψη κοινωνικών σχέσεων με τους Σαντορινιούς. Μια σημαντική παράμετρος της επενέργειας του Gaertringenμε την παιδεία της Σαντορίνης, είναι η εποπτεία των ανασκαφών από τον τότε Σχολάρχη Φηρών Εμμανουήλ Βασιλείου, ο οποίος είχε τη δυνατότητα σε συνδυασμό με τον συνεργάτη του, να εμπλέξει τα παιδιά ως βοηθητικό προσωπικό στις ανασκαφές[1]. Με αυτό τον τρόπο, η τοπική μαθητική νεολαία του τέλους του 19ουαι., γνωρίζει από κοντά τις αρχαιολογικές ανακαλύψεις.
Σαν επιστέγασμα της τόσο σημαντικής σχέσης των μαθητών με τις αρχαιολογικές ανασκαφές της Αρχαίας Θήρας, χαρακτηριστικό είναι το απόσπασμα από την εφημερίδα : «Αστυ» (αρ. φύλ. 3249, 27.11.1899: 2 ) παραχωρείται οικόπεδο του Βαρβαρρήγειου Γυμνασίου Σαντορίνης για την ανοικοδόμηση του Αρχαιολογικού Μουσείου ώστε τα αντικείμενα να μην θεωρούνται υποκείμενα εις καθημερινήν φθοραν... Συγκεκριμένα αναφέρεται: ¨.... Ἡ ἐπιτροπὴ τοῦ ἐν Θήρᾳ Βαρβαρρηγείου γυμνασίου δι’ ἐγγράφου της πρὸς τὸ ὑπουργεῖον τῆς Παιδείας καθιστᾷ γνωστόν, ὅτι παρέχει εἰς τὴν διάθεσιν τοῦ δημοσίου τὸ ἀναγκαιοῦν οἰκόπεδον, ὅπως ἱδρυθῇ ἐν Θήρᾳ ἀρχαιολογικὸν Μουσεῖον. Ἡ ἵδρυσις τοιούτου Μουσείου εἶνε σήμερον ἐπιβεβλημένη, καθ’ ὅσον θὰ τοποθετηθῶσιν ἐντὸς αὐτοῦ τὰ διάφορα ἀρχαιολογικὰ εὑρήματα τῶν ἐνεργηθεισῶν αὐτόθι τελευταίως ἀνασκαφῶν ὡς καὶ ἅπαντα τὰ λοιπὰ ἀρχαιολογικὰ ἀντικείμενα, τὰ ὁποῖα πρὸ ἐτῶν πολλῶν παραμένουσι τῇδε κἀκεῖσε ἐπὶ τῆς νήσου Θήρας, ἐκτεθειμένα ἐν ὑπαίθρῳ καὶ ὑποκείμενα εἰς καθημερινὴν φθοράν. ..."
Το αρχαιολογικό Μουσείο τελικά ανοίγει τις πύλες του το 1902,δίπλα από την σημερινή Μητρόπολη . Αντέχει μέχρι το σεισμό του 1956…και ανοικοδομείται στη σημερινή του θέση γύρω στα 1960.